学习和参考过的有用资料🌸

Belfast tutorial: Replica exchange II and Multiple walkers
[https://www.plumed.org/doc-v2.5/user-doc/html/belfast-8.html]

Trieste tutorial: Running and analyzing multi-replica simulations
[https://www.plumed.org/doc-v2.5/user-doc/html/trieste-5.html]

Plumed文档：）

软件版本🌸

• PLUMED 2.6.1
• Gromacs 2018.8

动机🌸

算是the管自己的一个记录&总结，方便自己看和归档，整理的过程也等于学到了。
现在我的网站是完全封闭的，说不定以后可以作为教程分享给大家。现有的plumed教程很棒但是年代久远，加上我自己写一个的话可以加入实际运行的效果反馈；以及比起读文档实操一遍可能会更有帮助。
总之现在还是给the管本管看的！

BEMeta的输入文件语法🌸

本质（是吗？）就是副本交换和Metad的结合啦！
输入文件我在Plumed官网的教程里有看见过一些不同的写法，也都有尝试过，再进一步弄懂根本的原理之前，以下这个@replicas语法是实际测试中确实可以稳定运行+相对简单的。
利用这个@replicas语法就仅需要一个plumed.dat输入文件了。

MOLINFO STRUCTURE=??????
RANDOM_EXCHANGES #(多个副本之间尝试随机进行交换)

#(以下省略一堆限制条件，比如uwall、lwall、wholemolecules等等)
cv1: ???
cv2: ???
cv3: ???
cv4: ???
#各CV定义完毕：）

metad: METAD ...
  ARG=@replicas:{cv1,cv2,cv3,cv4}
  HEIGHT=5.0 #这样写的话就是各个CV的height值都统一
  PACE=1000 
#  BIASFACTOR=30.0 #如果想要well-tempered的话就设置Biasfactor

  SIGMA=@replicas:{0.5,0.5,0.02,0.02}
  TEMP=????

  FILE=HILLS GRID_MIN=@replicas:{?,?,?,?} GRID_MAX=@replicas:{?,?,?,?}
...

运行的时候就普普通通地：

mpirun -np ? gmx_mpi mdrun -v -plumed plumed.dat -multi 4 -replex 10000 -nsteps ?????????

#原始(暴力)的Metad和well-tempered的效果拉踩