科研记录｜PLUMED-BEMeta采样为何还是几乎无动静
果然还是有必要记录一下子！
CV3/CV4几乎就没有动过，但我怀疑这并不是它的锅，我看了一段轨迹，也出现了坐标数到3的时候，比如这边输出的是COORD小于4的时候，但确实可以观察到：构型就是没动。（看图）
不论是s path还是z path都可以说明，构型确实就是没有动过。
来看一下目前metad的设置吧：
metad: METAD ...
ARG=@replicas:{cv1,cv2,cv3.sss,cv4.sss}
HEIGHT=0.2
PACE=1000
BIASFACTOR=30.0
SIGMA=@replicas:{0.5,0.5,0.5,0.5}
# SIGMA=@replicas:{0.5,0.5,0.02,0.02}
TEMP=300.0
FILE=HILLS GRID_MIN=@replicas:{0,0,1,1} GRID_MAX=@replicas:{8,8,2,2}
...
来和先前采样水分子q6的对比一下：
metad: METAD ARG=q6.mean PACE=500 HEIGHT=5.0 SIGMA=0.2 GRID_MIN=0.0 GRID_MAX=1.0 FILE=HILLS0406 TEMP=260.0
我现在想的是，先不用well-tempered，而是先拿最原始和暴力的metad测试一下：
- 之前采水q6也有well-tempered采不动的经验；
- 合理的cv范围已经很清晰了：有Uwall和Lwall拉着的。
metad: METAD ...
ARG=@replicas:{cv1,cv2,cv3.sss,cv4.sss}
HEIGHT=0.2
PACE=1000
BIASFACTOR=30.0
SIGMA=@replicas:{0.5,0.5,0.5,0.5}
# SIGMA=@replicas:{0.5,0.5,0.02,0.02}
TEMP=300.0
FILE=HILLS GRID_MIN=@replicas:{0,0,1,1} GRID_MAX=@replicas:{8,8,2,2}
...
今天用来测试的输入文件改动：
- Height，试试看5.0，我知道很高，dbq。
- 删除biasfactor = 不用well-tempered。
metad: METAD ...
ARG=@replicas:{cv1,cv2,cv3.sss,cv4.sss}
# HEIGHT=0.2
HEIGHT=5.0
PACE=1000
# BIASFACTOR=30.0
SIGMA=@replicas:{0.5,0.5,0.5,0.5}
# SIGMA=@replicas:{0.5,0.5,0.02,0.02}
TEMP=300.0
FILE=HILLS GRID_MIN=@replicas:{0,0,1,1} GRID_MAX=@replicas:{8,8,2,2}
...