动机

在进行采样的时候，我发现在bias下的PATHMSD几乎还是卡在1.7-1.8（即便是COORD有变化的时候）。
这就很蹊跷不是吗......
聪明the管想到：可不可能是作为ref的几个pdb文件的坐标超出了the管实际的模拟的盒子？
心动不如行动，在这里，我们用到VMD来移动一下原子坐标^ ^

Start

set all12 [atomselect top all]
$all12 moveby {-10 -20 0}
$all12 writepdb all12.pdb

命令都非常简单易懂！

结果

看起来采样的问题并不是这个原因？
我需要继续观察一下。
昨天的测试没有加WHOLEMOLECULES，
今天加上了。